Il principale museo cittadino, il Museo del Sannio, è diviso in quattro sezioni: archeologia, medievalistica, arte e storia. Collocate in sedi diverse, tutte di grande valore storico. 

Nel nome è un Museo di Arte contemporanea, ma in realtà questo piccolo museo nei sotterranei del Palazzo di Governo, nel centralissimo corso Garibaldi, al suo interno offre un allestimento sorprendente.

Una chiesa altomedievale sconsacrata da tre secoli, un edificio del II secolo d.C. e testimonianze ancora più antiche: è questo il complesso monumentale di Sant’Ilario a Port’Aurea, perché si trova nelle immediate vicinanze della Porta Aurea, come fu ribattezzato l’Arco di Traiano in epoca longobarda.

Il sottosuolo della cattedrale, una miniera di testimonianze archeologiche della vita delle popolazioni che si sono susseguite a Benevento dalla Preistoria al Medio Evo.

Nell’antico complesso religioso di San Felice, nel seicentesco convento dei Cappuccini, trasformato in carcere dopo l’Unità d’Italia, ha oggi sede la Soprintendenza archeologica.

Situato proprio di fianco al convento dei Cappuccini a cui è collegato, vi sono esposti numerosi oggetti di uso quotidiano da parte del Santo di Pietrelcina, che fu ordinato sacerdote proprio a Benevento.

Nel Castello di Montesarchio ha sede il Museo archeologico nazionale del Sannio Caudino, con i reperti dei corredi funerari risalenti tra il X-IX secolo e l’epoca romana, rinvenuti delle necropoli di Caudium, Saticula (Sant’Agata de’ Goti) e Telesia (San Salvatore Telesino).

Un viaggio a ritroso nel tempo. Fino  al Cretaceo, 110 milioni di anni fa, quando alle pendici del Matese, dove sorge Pietraroja, si estendeva una laguna.