Il principale museo cittadino, il Museo del Sannio, è diviso in quattro sezioni: archeologia, medievalistica, arte e storia. Collocate in sedi diverse, tutte di grande valore storico. 

 La sezione archeologica è ospitata nel magnifico chiostro romanico della chiesa di Santa Sofia, anch’esso compreso nel Patrimonio Unesco. Fu edificato tra il 1142 e il 1176 dall’abate Giovanni IV, riutilizzando parti del chiostro preesistente, risalente all’VIII secolo e distrutto da un terremoto. E’ ovunque evidente l’influsso moresco, dovuto alla disponibilità in città di maestranze arabe. Il nuovo chiostro è caratterizzato da una pianta quadrangolare e presenta una serie di quindici quadrifore e una  trifora. Davvero particolari sono i capitelli delle colonnine, uno diverso dall’altro, con figure umane, fantastiche, e animali. Nell’angolo sudoccidentale del chiostro si trova una delle più antiche rappresentazioni iconografiche della nascita di Gesù. 

Vasta e varia è la dotazione di reperti antichi, originariamente ordinata nel 1873 dal grande Mommsen. Ne fanno parte  reperti sanniti, magno-greci con statuine fittili da Taranto e vasi di ottima fattura. Si distingue un’anfora apula a volute. Al periodo romano appartengono i busti acefali di Traiano e della moglie Plotina, ritrovati nei pressi dell’arco di Traiano, e dei rilievi sui numera gladiatori ritrovati nei pressi del teatro romano.

La sezione storica e quella delle arti e delle tradizioni popolari del Beneventano nelle diverse epoche sono invece custodite presso la Rocca dei Rettori e Palazzo Casiello. Di notevole interesse le collezioni di armi, monete e stampe.