Si dice che fu San Francesco a fondarla, di passaggio a Benevento diretto verso il Gargano.
L’impianto originario è a un’unica navata con copertura a capriate lignee. Originaria è l’abside con frammenti di affreschi trecenteschi di un pittore giottesco, raffiguranti la Madonna dell’Umiltà. Si distingue anche un affresco del XV secolo: La Trinità tra la Madonna e San Giovanni evangelista, in basso i Santi Bartolomeo, Giovanni Battista e Francesco. Nel convento vi sono due chiostri gotici, uno dei quali adorno di un affresco bizantineggiante dell’XI secolo raffigurante San Costanzo.